El proceso de formación de la organización, que se construyó a través de discusiones en las asambleas locales, y luego en las Asambleas Regionales, refleja la importancia del consenso y del ámbito colectivo para los pueblos que vivimos en la región.

La justicia que imparten nuestras autoridades regionales también se centra en este espíritu comunitario: es una justicia publica y colectiva, donde son varios los ojos que evalúan quienes cometen errores.

En nuestras comunidades los conflictos más graves siempre se resuelven en el seno de la asamblea: es todo el pueblo que determina las sanciones, legitimando la actuación en términos de justicia de las autoridades. Estas son las que finalmente se hacen responsables de impartir la justicia, pero  cuentan con el respaldo, además que de la asamblea, también del consejo de ancianos o principales, las personas de mas sabiduría y respeto. Tales formas de organización nos han servido como modelo para construir nuestra institución regional: la Coordinadora Regional de Autoridades Comunitarias es como el cuerpo de los principales, mientras en la Asamblea Regional se llevan los casos mas difíciles para que las resoluciones se tomen colectivamente: esto para impedir que se cometan errores o arbitrariedades en la impartición de justicia.

Dado que nació y se fortalece de la asamblea, la Coordinadora se articula con ella de manera horizontal. Sus principios son: investigar antes que procesar, conciliar antes que dictar sentencia, reeducar antes que castigar, no hacer distinción de edad, sexo, color, religión y grupo social, impartir una justicia pronta y expedita.   

Antes del 1995, no se realizaban Asambleas Regionales; con razón en la organización del sistema de seguridad, se origina un sistema articulado a nivel regional. Aunque en las Asambleas Regionales se tratan solamente temas relacionados con la Seguridad y la Justicia, su funcionamiento desde hace 11 años representa un gran avance con respecto a la coordinación a nivel amplio entre las comunidades, proceso que finalmente está construyendo un territorio propio, en donde se está dando un proceso de autonomía compartido en lo que concierne el ámbito del control del territorio y la impartición de justicia. Tal proceso se enriquece precisamente a través de las diversidades  de los pueblos y las organizaciones que confluyen en la Asamblea Regional; de tal discusión son producto original, por ejemplo, las normas a aplicar en la impartición de justicia o los procedimientos para la reeducación.  

Las personas que son juzgadas por la Coordinadora Regional reparan su falta con trabajo social a favor de las comunidades integradas al sistema. De acuerdo a la duración de la reeducación que le viene dictaminada, los presos cumplen con 15 días de trabajo en una comunidad y después son trasladados a otra; esto hasta acabar con el tiempo a cumplir. En las comunidades son vigilados por los policías comunitarios, alimentados por la comunidad, mientras la población en general, y los principales en particular, se encargan de la reeducación, o sea de platicar con ellos para hacerlos reflexionar sobre su conducta. De acuerdo con esto, el proceso apunta hacia la reintegración de los individuos en la sociedad, donde son también los habitantes de las comunidades que aprenden a aceptar los que fallaron, y la presencia publica de los presos funciona como ejemplo para invitar a los demás a no cometer los mismos errores, y a fortalecer en la gente la conciencia que hay autoridad competente y justicia efectiva.

La reeducación es un elemento nuevo, se ideó en 1998 cuando decidimos ya no entregar los delincuentes al Ministerio Publico. Pero surge de la reflexión entre los varios pueblos de la región sobre sus procedimientos y métodos para la resolución de los conflictos, practicas jurídicas que de por si siempre han sido vigentes en nuestras comunidades.

Ahora nuestra tarea es  fortalecer la practica de estas instituciones tomando como referente lo que los pueblos han hecho antes para asegurarse la justicia, la seguridad, la armonía en la convivencia y la paz.

La búsqueda de la conciliación, la gratuidad de la justicia, la posibilidad de hablar en nuestras lenguas, caracterizan este nuevo derecho de los pueblos que estamos construyendo; es un derecho distinto al derecho que el estado nos impone y que no nos sirve para resolver los problemas que tenemos que enfrentar. Es por tales motivos que se nos ha impuesto la necesidad de construir una justicia y un derecho que retomen lo que nuestros pueblos han hecho antes pero ajustado a las condiciones actuales. 

En la construcción de este derecho nuestro, antiguo y nuevo a la vez, en las practicas para la impartición y procuración de justicia, en la reeducación comunitaria, estamos de hecho construyendo un sistema autónomo, que no depende de las instituciones para su funcionamiento. A pesar de que siempre los gobiernos estatales trataron de desintegrar las estructuras de gobierno y de organización indígena, estas siempre se mantuvieron vivas en las comunidades, y son las que ahora dan contenido, fuerza y  legitimidad a nuestro Sistema de Justicia y Seguridad Comunitaria.